Всем, кто столкнулся с проблемой "SPIFFS Error: esptool not found!" поделюсь опытом:
Плагин очень привередлив к версии питона. Буквально недавно вышел плагин корректно работающий с 3 версией. При использовании этой версии https://github.com/esp8266/arduino-esp8266fs-plugin/releases/ ошибок не возникает.